L’histoire de la collection d’instruments de musique de Leipzig commence à la fin du 19ème siècle avec le hollandais Paul de Wit, qui habitait alors Leipzig. En 1886, de Wit ouvrit un musée au 16 Thomaskirchhof, où se trouvent l’actuelle Bosehaus et le Musée Bach. Les instruments y étaient exposés et occasionnellement joués lors de concerts. En 1905, de Wit dut cependant vendre sa collection à Wilhelm Heyer, fabricant de papier à Cologne, suite à des négociations infructueuses avec la ville de Leipzig. En 1913, le Musikhistorisches Museum Wilhelm Meyer (le Musée d’histoire de la musique Wilhelm Meyer) fut ouvert au public. Il abritait aussi la très précieuse collection d’instruments de musique du baron Alessandro Kraus de Florence et des instruments du fabricant de pianos Ibach, originaire de Barmen. Après la disparition soudaine de Wilhelm Heyer, le musée resta ouvert de nombreuses années jusqu’à ce que son successeur décide de céder la propriété. La collection d’instruments Heyer put finalement être rachetée pour l’université de Leipzig en 1926, grâce à une généreuse donation de 200 000 Marks de Henri Hinrichsen, propriétaire de la fameuse maison d’édition de musique C. F. Peters, et à l’Etat de Saxe, qui alloua 600 000 Marks supplémentaires. Après la rénovation du Musée Grassi, la ville de Leipzig choisit d’installer la collection Heyer dans l’aile Nord du bâtiment. L’ouverture officielle du Musikinstrumenten-Museums der Universität Leipzig (Musée d’instruments de musique de l’université de Leipzig) eut lieu le 30 mai 1929.
La seconde guerre mondiale causa des dégâts irréparables à la collection. Le bâtiment fut entièrement détruit par un incendie suite au raid aérien de la nuit du 3 au 4 décembre 1943. Les pianos de la collection Ibach, les archives et la bibliothèque ne purent être sauvés. L’inventaire, qui avait été évacué du musée, ne fut que partiellement récupéré ; le vol et les conditions de conservation inappropriées causèrent aussi des pertes importantes à la collection. Au début des années 1950, le musée put être reconstruit et éventuellement ré-ouvert au public. Depuis, l’acquisition systématique de nouveaux objets et les donations isolées ont permis d’agrandir la collection de manière significative. La collection permet aujourd’hui de présenter aux visiteurs du musée un aperçu du développement des instruments de musique européens de la Renaissance à nos jours.
L’inventaire est aujourd’hui composé d’acquisitions individuelles, de donations, et de collections privées complètes qui n’ont cessé, au fil des ans, de venir enrichir la collection de Leipzig. Les plus importantes de ces collections complètes sont ici présentés :