Благодаря своим 600 музыкальным инструментам из Европы и со всего мира учебная коллекция на втором этаже музея является важным дополнением постоянной выставки. Размещение объектов в определённом порядке позволяет специалистам и заинтересованным посетителям легко сравнивать родственные инструменты: например, церковные колокольчики XIV века расположены рядом с африканскими ручными колокольчиками из бронзы; в то время как среди струнных инструментов особенно выделяются индийская дилруба и индейская скрипка со струнами из конского волоса. Традиционные музыкальные инструменты и редкие вещи, такие как орган с фарфоровыми трубами, тоже занимают важное место в учебной коллекции.
Часть учебной коллекции находится в зале имени Генри Хинрихсена. Зал был назван в честь лейпцигского музыкального издателя и мецената Генри Хинрихсена (1868 – 1942). Без его щедрого пожертвования большая часть сегодняшней коллекции музыкальных инструментов не попала бы в Лейпциг в 1926 году. Мемориальная доска напоминает о трагической судьбе этого выдающегося человека: сначала нацистская власть конфисковала его издательство, а в 1942 году он был убит в Освенциме .