История лейпцигской коллекции начинается с конца XIX века и изначально тесно связана с деятельностью жившего в Лейпциге голландца Пауля дэ Вита. В 1886 году он открыл музей на улице Томаскирххоф 16 в доме коммерсанта Георга Бозе, где сегодня находится музей имени Баха. В своём музее он выставил исторические музыкальные инструменты, которые при случаи могли зазвучать. В 1905 году дэ Вит продал всю коллекцию Вильгельму Хайеру (1849 – 1913), бумажному фабриканту из Кёльна, потому что торговые переговоры с Лейпцигом ни к чему не приводили. В 1913 году музыкально-исторический музей имени Вильгельма Хайера открыл публике свои двери. Музей располагал весьма дорогой коллекцией музыкальных инструментов Барона Алессандро Крауса из Флоренции и бесценным фондом фирмы Ибаха, занимавшейся изготовлением пианино в Бармене. После неожиданной смерти Вильгельма Хайера музей просуществовал ещё несколько лет, пока потомки не решили распродать имущество. Генри Хинрихсен, владелец известного музыкального издательства "С. F. Peters", пожертвовал огромную сумму в размере 200 тысяч марок на покупку коллекции Хайера для Лейпцигского университета в 1926 году. Кроме того, свободное государство Саксония добавило ещё 600 тысяч марок на эти цели. В качестве новой резиденции для коллекции Хайера город Лейпциг предложил северное крыло только что построенного музея имени Грасси. 30 мая 1929 года состоялось праздничное открытие музея музыкальных инструментов Лейпцигского университета.
Вторая мировая война нанесла коллекции невероятный вред. После бомбёжки 3 – 4 декабря 1943 года здание музея полностью сгорело. Пианино из коллекции Ибаха так же, как и архив с библиотекой, не удалось спасти.
Фонды, которые успели вынести, вернулись в музей невредимыми только частично, хищение и неправильное хранение экспонатов привели к большим потерям. В начале 50-х годов XX века музей был заново отстроен, и фонды стали постепенно открываться для публики. Благодаря целенаправленным приобретениям и индивидуальным дарам музей смог значительно расширить коллекцию. Сегодня во время экскурсии по постоянной выставке посетитель может проследить развитие европейских музыкальных инструментов от эпохи Возрождения до наших дней.