Die wissenschaftliche Katalogisierung des Bestandes hat eine lange Tradition an dieser Einrichtung. Den Grundstock bilden die noch in Köln publizierten Bände der Heyerschen Sammlung, fortgesetzt wurde die Arbeit in den 1970er Jahren bzw. nach neuem Konzept Mitte der 1990er Jahre. Die mit * gekennzeichneten Bücher sind nur noch antiquarisch erhältlich.
Andreas Michel, Philipp Neumann: Gitarren. 17. bis 19. Jahrhundert. Musikinstrumenten-Museum der Universität Leipzig. Katalog, Leipzig 2016
Andreas Michel (Hg.): Gitarren von Richard Jacob "Weißgerber". Katalog des Museums für Musikinstrumente der Universität Leipzig, Leipzig 2007
Birgit Heise: Membranophone, Idiophone. Europäische Schlag- und Friktionsinstrumente, Katalog des Musikinstrumenten-Museums der Universität Leipzig, Halle und Leipzig 2002
Andreas Michel: Zistern. Europäische Zupfinstrumente von der Renaissance bis zum Historismus, Katalog des Musikinstrumenten-Museums der Universität Leipzig, Leipzig und Halle 1999
Andreas Michel: Zithern. Musikinstrumente zwischen Volkskultur und Bürgerlichkeit, Katalog des Musikinstrumenten-Museums der Universität Leipzig, Leipzig 1995
* Klaus Gernhardt/ Hubert Henkel/ Winfried Schrammek: Orgelinstrumente, Harmoniums. Leipzig 1983 (Musikinstrumenten-Museum der Karl-Marx-Universität Leipzig Katalog Band 6), 144 S., 80 Tafeln – Orgeln, Orgelpositive, Harmoniums
* Herbert Heyde: Hörner und Zinken. Leipzig 1982 (Musikinstrumenten-Museum der Karl-Marx-Universität Leipzig Katalog Band 5), 272 S., 80 Tafeln – Zinken, Serpente, Basshörner, Ophikleiden, Schofare, Schneckenhörner, Lituus, Alphörner, Russische Hörner, Olifanten, Jagdhörner u.ä., Naturwaldhörner, Inventionswaldhörner, Ventilhörner, Klappenhörner
* Hubert Henkel: Clavichorde. Leipzig 1981 (Musikinstrumenten-Museum der Karl-Marx-Universität Leipzig Katalog Band 4), 120 S., 80 Tafeln – Clavichorde, Hackbretter
Herbert Heyde: Trompeten, Posaunen, Tuben. Leipzig 1980 (Musikinstrumenten-Museum der Karl-Marx-Universität Leipzig Katalog Band 3), 264 S., 48 Tafeln – Kornette, Flügelhörner, Tuben, Trompeten, Posaunen
* Hubert Henkel: Kielinstrumente. Leipzig 1979 (Musikinstrumenten-Museum der Karl-Marx-Universität Leipzig Katalog Band 2), 184 S., 96 Tafeln – Spinette, Cembali, Virginale, Clavicytherien
* Herbert Heyde: Flöten. Leipzig 1978 (Musikinstrumenten-Museum der Karl-Marx-Universität Leipzig Katalog Band 1), 158 S., 16 Tafeln – Blockflöten, Okarinas, Flageoletts, Querflöten
* Georg Kinsky: Musikhistorisches Museum von Wilhelm Heyer in Cöln. Katalog zweiter Band: Zupf- und Streichinstrumente. Cöln 1912, 718 S. mit zahlreichen Abbildungen – Harfen, Zithern, Zistern, Lauten, Gitarren u.ä., Hackbretter, Psalterien, Trumscheite, Rebecs, Fideln, Liren, Violen, Violinen, Bratschen, Violoncells, Kontrabässe, Schlüsselfideln u.ä., Bögen
* Georg Kinsky: Musikhistorisches Museum von Wilhelm Heyer in Cöln. Katalog erster Band: Besaitete Tasteninstrumente, Orgeln und orgelartige Instrumente, Friktionsinstrumente. Cöln 1910, 478 S. mit zahlreichen Abbildungen – Clavichorde, Kielinstrumente, Klaviere, Orgelinstrumente, Harmoniums, Radleiern, Streichklaviere, Glasharmonikas, Nagelgeigen u.a. Friktionsinstrumente
* Georg Kinsky: Kleiner Katalog der Sammlung Alter Musikinstrumente. Musikhistorisches Museum von Wilhelm Heyer in Cöln, Cöln 1913, 250 S.32 Tafeln